当土地改良区は、平成15年2月に新江土地改良区と北蒲原郡南部土地改良区の新設合併により設立（認可番号 新潟県第386号）されました。

　前身の新江土地改良区は、享保19年（1734年）に新発田藩の治水墾田で竣功された新江用水の管理者である新江水利組合（後に新江用水普通水利組合）が昭和24年土地改良法の制定に伴い組織変更して北蒲原郡新江土地改良区となり、昭和44年に岡方土地改良区を、昭和46年には安田土地改良区を吸収合併して、昭和54年に京ヶ瀬土地改良区と新設合併しています。

　一方、北蒲原郡南部土地改良区は、大正11年に設立された北蒲原郡南部耕地整理組合を前身として、平成10年に賀慶土地改良区を吸収合併しました。

　また、当土地改良区設立後は、平成31年に笹岡土地改良区を吸収合併し、現在に至ります。

　（阿賀野川土地改良区設立までの経過です。）